Entre 1540 y 1606, la Diócesis de Iquique fue denominada Doctrina de Tarapacá y dependía del Obispado del Cuzco, Perú. El 6 de julio de 1606 fue creado el Obispado de Arequipa, bajo cuya jurisdicción se encontraron los límites eclesiásticos de nuestra Iglesia durante los siglos XVIII y XIX; es decir, antes que la primera vice-parroquia de Iquique, construida a fines del siglo XVIII se transformara en parroquia. Dicho templo fue demolido en 1859 a causa de su deterioro.

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Iquique necesitaba con urgencia una Iglesia Parroquial, y durante el gobierno del General Echeñique y bajo Decreto del 23 de junio de 1862, el pastor de esta nueva diócesis peruana, Monseñor Bartolomé Herrera, erigió y bendijo la primera Parroquia de Iquique, independizándola de Tarapacá. En ese entonces, la estructura de fierro para la construcción del templo parroquial fue traída desde Europa e instalada en medio de la Plaza Prat, mismo lugar que hoy ocupa la torre del reloj. En 1872, y ya con cinco años en calidad de Parroquia, fue destruida por un voraz incendio.

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Con la ayuda de la comunidad católica se edifica una Capilla en las cercanías del Teatro Municipal. En tanto, el Supremo Gobierno de Perú ordena la construcción de una Iglesia Matriz Parroquial de Iquique, ahora ubicada donde hoy funciona la Catedral con puertas hacia calle Esmeralda.

En 1880, tras la Guerra del Pacífico, el Gobierno de Chile toma posesión de la Provincia de Tarapacá, la cual comprendía las parroquias de Iquique, Pisagua, La Noria, Tarapacá, Pica, Camiña y la viceparroquia de Huantajaya. Esta toma de posesión significó además la segregación definitiva de nuestra Iglesia con respecto al Obispado de Arequipa, y Monseñor Camilo Ortúzar se transforma en el primer Vicario del nuevo Vicariato Apostólico de Tarapacá.

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En 1883 los fieles católicos nuevamente sufren la pérdida del templo en un siniestro de proporciones. El 12 de marzo de aquel año, y en sesión extraordinaria de la Comisión Municipal de Iquique, se aprobó que la manzana comprendida entre las calles Tacna (Obispo Labbé), Santa Rosa (Esmeralda), Junín (Ramírez) y Bolívar se convirtieran en plaza pública, reservándose del centro el espacio necesario para reconstruir la Iglesia y Casa Parroquial, que ocuparan anteriormente una esquina de la misma manzana.

El 8 de septiembre de 1883, en una ceremonia oficiada por el Gobernador Eclesiástico de Valparaíso, Monseñor Mariano Casanova, se bendijo y colocó la primera piedra de la nueva y definitiva edificación, la que fue terminada en 1885.

Monseñor Camilo Ortúzar se dedicó a la organización administrativa eclesiástica del nuevo Vicariato, para lograr una acertada gestión. Se preocupó de delimitar la extensión y demarcación de cada uno de los templos existentes, y para ello erigió canónicamente en el sector costero y salitrero, las parroquias de Pisagua, La Noria, Lagunas, Mamiña y Negreiros. En 1896, el Vicariato de Tarapacá contaba con diez parroquias y 358 capillas.

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En 1909, el presbítero Martín Rücker fue el primero en solicitar el levantamiento de un Obispado en este territorio, sin embargo, sólo 20 años después, el 20 de diciembre de 1929, fue aprobada la creación del Obispado de Iquique por la Constitución Apostólica "Ad gregen Dominicum" del Papa Pío XI, abarcando las provincias de Tarapacá y Arica y siendo su primer Obispo Monseñor Carlos Labbé Márquez. En 1959, se crea la Prelatura de Arica, lo que deja definitivamente a nuestra Diócesis circunscrita al territorio de la Provincia de Iquique.